Al estar usando CloudLinux que permite ejecutar multiples versiones de PHP e incluso seleccionar cual version usar dependiendo de la carpeta si creamos un cron job que ejecute un archivo php deberemos crearlo de la siguiente forma, si no intentara cargarlo usando la version php del servidor y no la seleccionada por el PHP selector o la que queramos.

Por ejemplo para PHP 7.0 el comando ejecutable sin tiempo seria:

/opt/alt/php70/usr/bin/lsphp -q /home/user/public_html/cron.php

En caso de PHP 5.6:

/opt/alt/php56/usr/bin/lsphp -q /home/user/public_html/cron.php


Es decir cambiariamos el numero de php70 a php65 o php71...